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迈尔斯（伍迪·艾伦 Woody Allen 饰）本是一间食品店的店主，在去医院看病的过程中意外遭到了冷冻，这一冻就是两百年。两百年后，迈尔斯从沉睡中苏醒，世界早已经发生了翻天覆地的变化，残暴集权的统治者巨细靡遗的控制着他的人民生老病死，而“横空出世”的迈尔斯显然成为了这个社会中的极为不安定的因素。 就这样，迈尔斯成为了头号通缉犯，遭到了警察的追捕，踏上了逃亡的旅途。在此过程中，他乔装打扮成为了机器人，混入了名为露娜（黛安·基顿 Diane Keaton 饰）的女子的家中，见识了她荒谬的生活。之后，身份败露的迈尔斯绑架了露娜，两人却在之后的相处中深深的相互吸引，最终，迈尔斯还是被捉拿归案，而露娜则在误打误撞之中遇见了反叛军的领袖，加入了起义的队伍之中。。2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 　　另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 　　2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 　　2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。